查看原文
其他

那些年我们画过的UMAP图

单细胞天地 单细胞天地 2022-08-10

分享是一种态度

做科研有多难?查找文献、设计实验、建立方法、做实验、数据分析、做报告。没有做过生信分析的多数人往往觉得做实验是最艰难的一环。但谁又明白生信分析的同学需要跨过的坑迈过的坎?在日复一日的科研生活中,也许有迷茫与困惑,有得不到理想结果的焦虑与心慌,有debug的艰辛,有突出的腰间盘,但也有程序正常运行的欣喜,有单细胞数据分析中漂亮的图谱。

在单细胞数据分析流程中,数据降维是不可或缺的一步。UMAP,Uniform Manifold Approximation and Projection(统一流形逼近与投影)是一种新的降维流形学习技术,UMAP是基于黎曼几何和代数拓扑理论框架构建的,是一种非常有效的可视化和可伸缩降维算法。在处理大数据时优势明显,特别适合对高通量的单细胞测序数据的可视化显示。

最美umap图征集活动!

美好的事物到处都有,正如狄德罗所说:“你缺少的不是美丽,而是善于发现美丽的眼睛”,最美好的事物往往在不经意间出现,正如单细胞数据分析中的UMAP分析,往往会有一些很漂亮的图谱。在单细胞测序技术大火的今天,越来越多的小伙伴加入其中,相信不少小伙伴都遇到过令人眼前一亮的UMAP图,那么让我们苦中作乐,怀揣梦想和努力,分享数据分析中遇到的点滴美好吧!

要求:以单细胞分析中的umap图为作品。发送你的umap图到征集邮箱,并对你的作品起一个艺术名字(可附加简短的介绍)。

  • 活动流程:UMAP图征集——读者投票评选——公布结果
  • 征集邮箱:zbiotrainee@163.com
  • 活动征集时间:2021年8月10日-31日
  • 活动奖品:评选出作品前5名活动书单中的书籍可任选1本
  • 活动奖品书单:《linux命令行与shell脚本编程大全》、《Python基础教程》、《Python数据挖掘与入门实践》、《R数据科学》、《R语言实战》、《白话机器学习的数学》、《深入解析CSS》等,或者自己进入图灵出版社主页随便挑选一本书。(图灵出版社:https://www.ituring.com.cn/book)

注:作品图可以是在自己的数据处理中出的图,也可以是公开发表的文章中的数据,经自己调整修饰重新绘制的图。

抛砖

城区规划图

点点好似人口密集的居住区,纵横交织的线条象征四通八达的道路,那整个看起来有没有很像一个城区的规划图呢,面对这样一个城区,你会如何规划呢?

洋葱细胞壁

看到这个图,有没有让你想起了初中生物实验中观察到的洋葱细胞结构。还记得当时的欣喜吗?嘻嘻~

以上只是简单的两个小例子,相信大家还遇到过更多好玩有趣的图,那么赶紧来参加吧!


往期回顾

浅谈单细胞转录组测序中的捕获效率提升

smart-seq2和10x技术的5大差异

开刊词|| 单细胞在中国

Seurat4.0系列教程21:结合Cell Hashing分析双细胞






如果你对单细胞转录组研究感兴趣,但又不知道如何入门,也许你可以关注一下下面的课程



看完记得顺手点个“在看”哦!


生物 | 单细胞 | 转录组丨资料每天都精彩

长按扫码可关注

您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存